La probabilité de passage des polluants du sol dans le compartiment biotique (végétaux ou animaux) ou dans les eaux naturelles dépend fortement de leur forme physico-chimique, déterminante pour leur biodisponibilité. On sait que les microorganismes, omniprésents dans les sols et les eaux, peuvent jouer un rôle prépondérant dans la fixation et l'immobilisation des métaux toxiques et ainsi servir de barrière au passage sol-eau/plante par exemple. Ceci peut être réalisé par des réactions d’oxydo-réduction permettant de faire passer le polluant d’un état soluble, donc mobile et biodisponible, à un état solide moins ou non toxique. Dans certains cas, la biomasse bactérienne a la capacité à la fois de catalyser les réactions d’oxydo-réduction et d’immobiliser le polluant après internalisation ou à sa surface. Ces phénomènes peuvent alors être mis à profit pour développer des procédés de bioremédiation où le polluant est concentré par la biomasse. Ceci peut permettre sa collecte en vue de stockage, traitement ou destruction.