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Sujet de stage / Master 2 Internship

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Bactéries magnétotactiques dans un micro-container

Spécialité : / CHIMIE

Contact : MALLOGGI Florent,
e-Mail : florent.malloggi@cea.fr,   Tel : +33 1 69 08 63 28
Laboratoire : /

Stage pouvant se poursuivre en thèse : Oui
Durée du stage : 0-5 mois
Date limite de constitution de dossier : 30/04/2020

Résumé :
Certains micro-organismes monocellulaires tels que les bactéries magnétotactiques synthétisent et organisent des structures nanocristallines. L'objectif du stage est de développer un système microfluidique permettant de capturer une seule bactérie afin de l’étudier.

Sujet détaillé :
Le contexte
Certains micro-organismes monocellulaires tels que les bactéries magnétotactiques synthétisent et organisent des structures nanocristallines, la chaîne du magnétosome, dans un environnement physiologique avec un degré de contrôle bien supérieur à celui obtenu par les chimistes dans des conditions difficiles (température / pression élevée et solvants organiques). Cette biominéralisation implique généralement le transport de quantités infimes de produits chimiques (femtogrammes) du pool de substances labiles, aux compartiments intracellulaires dans lesquels ils sont cristallisés et organisés.
La mise au point de méthodes d’encapsulation utilisant la microfluidique permet de piéger des cellules uniques et de surveiller de manière dynamique la quantité physiologiquement pertinente de produits chimiques (de l'ordre du femtogramme - fg) à des concentrations (micromolaire - µM) dépassant de loin la limite de détection des techniques analytiques conventionnelles. De plus, des environnements de taille similaire à celle de la bactérie peuvent être produits, ce qui permet de modifier la morphologie de la cellule et son organisation intracellulaire. Ces processus peuvent être analysés à haut débit et dans des études parallélisées.

Mission
Le candidat retenu contribuera à la conception, la microfabrication et l'optimisation du microsystème, ainsi qu'aux campagnes de mesure et à l'analyse des données. En particulier, il aura à déterminer l’influence du milieu chimique et de l’environnement physique sur la nucléation et l’organisation des magnétosomes au niveau d'une cellule unique. Des techniques de microfluidique et de microscopie quantitative corrélative seront utilisées à cet effet. Un accent particulier est mis sur la recherche interdisciplinaire dans le cadre d'une collaboration étroite avec les scientifiques travaillant sur les aspects chimiques, biologiques et physiques de la biominéralisation et de la biomimétique des assemblages magnétiques.

Le candidat travaillera dans l'équipe de recherche LIONS (CEA Saclay), en étroite collaboration avec les biologistes du BIAM (CEA Cadarache). Un séjour à Cadarache pour mieux connaitre la culture cellulaire est possible.

Profil
Nous recherchons un étudiant ayant une formation en chimie, biophysique, biotechnologie ou physique.
Des compétences en microfluidique, en chimie analytique et en microscopie à fluorescence sont appréciées. Des compétences en programmation et en conception CAO sont un avantage.
Une bonne connaissance de l'anglais est requise, ainsi qu'une forte motivation personnelle et de la fiabilité.
Mots clés :

Lien vers le laboratoire
Lien vers la page du tuteur

 

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