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Les stages

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Dynamique de la conformation de la chromatine lors de la réplication de l'ADN chez les eucaryotes
Dynamics of chromatin conformation for DNA replication in eukaryotes

Spécialité

Biophysique

Niveau d'étude

Bac+5

Formation

Master 2

Unité d'accueil

Candidature avant le

02-04-2018

Durée

6 mois

Poursuite possible en thèse

oui

Contact

GUENOUN Patrick
+33 1 69 08 74 33

Résumé/Summary

Nous proposons dans ce stage d’étudier les relations entre la structure de la chromatine à des échelles entre 1 et 100 nm et la dynamique de réplication de l’ADN. Pour cela, nous utiliserons la diffusion des rayons X aux petits angles pour déterminer la conformation de la chromatine, et la cytométrie en flux pour suivre la duplication du génome.
We propose here to study the relations between chromatin structure at lengthscales in between 1 and 100nm and DNA replication dynamics. X-ray scattering will be used to determine chromatin conformation and flux cytometry for following genome duplication.

Sujet détaillé/Full description

L’ADN génomique est associé à tout instant à des protéines. Le complexe protéique le plus abondamment présent le long de l’ADN est appelé nucléosome. Les nucléosomes confèrent à l’ADN une structure tridimensionnelle appelée la chromatine. L’organisation tridimensionnelle du génome et sa dynamique dans des cellules vivantes sont déterminantes pour ses fonctions. Il est donc crucial de les comprendre et d’identifier les paramètres qui les contrôlent.
Cependant, les connaissances actuelles ne permettent pas encore de décrire à toutes les échelles spatiales la structure locale et globale de la chromatine lors des processus de régulation du cycle cellulaire comme la réplication.
Nous proposons dans ce stage d’étudier les relations entre la structure de la chromatine à des échelles entre 1 et 100 nm et la dynamique de réplication de l’ADN. Pour cela, nous utiliserons la diffusion des rayons X aux petits angles pour déterminer la conformation de la chromatine, et la cytométrie en flux pour suivre la duplication du génome. La diffusion sera réalisée directement sur des ensembles de cellules synchronisées dans leur évolution. En utilisant des concepts issus de la physique des polymères nous quantifierons les relations entre la dynamique de la réplication et la structure de la chromatine.
Nous utiliserons comme système modèle la levure de boulanger, Saccharomyces cerevisiae. Comme pour toute cellule eucaryote, le cycle cellulaire de la levure comprend trois phases avant sa division : 1) la préparation de l’ADN à la duplication (phase G1), 2) la duplication de l’ADN (phase S) et 3) le contrôle de l’ADN dupliqué et la préparation à la division cellulaire (phase G2). Des cellules de S. cerevisiae de type a seront synchronisées à la fin de leur phase G1 grâce à une phéromone sexuelle appelée facteur αEn enlevant ce dernier de la solution par lavages successifs, la population de cellules synchronisées à la fin de la phase G1 est relâchée dans la phase S où de manière concomitante nous effecturons des mesures de diffusion des rayons X aux petits angles et des prélèvements d’échantillons destinés à être analysés par cytométrie de flux.

Ce stage s'effectue en collaboration avec Arach GOLDAR, DRF//JOLIOT/SBIGEM/LTG (laboratoire spécialisé dans l'étude de l'ADN)


Lieu :
CEA/Saclay,

Mots clés/Keywords

Physique statistique

Compétences/Skills

Culture cellulaire, Diffusions aux petits angles, Cytométrie en flux, Analyse du signal Physique statistique Physique des polymères Modélisation (analytique et numérique).

 

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