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Univ. Paris-Saclay
Utilisation de la mobilité ionique couplée à la spectrométrie de masse pour l'étude conformationnelle de biomolécules
Guillaume VAN DER REST - Laboratoire de Chimie Physique d'Orsay, Université Paris-Sud, Université Paris-Saclay
Vendredi 11/03/2016, 10:30-12:00
LIDYL Bât.522, Grande salle 137-138, CEA-Saclay

Au cours de ce séminaire, je présenterai deux projets menés sur notre spectromètre de masse à mobilité ionique installé au LCP l'an dernier. Dans un premier temps j'aborderai la thématique de l'étude de la diversité conformationnelle de la protéine du prion ovin. Après avoir rappelé le dispositif instrumental de type TWIMS installé dans l'instrument, je discuterai de la littérature sur le sujet et des méthodes de calibration permettant la mesure de sections efficaces de collision. Ensuite la mise en oeuvre de ces méthodes ainsi que leur limitation seront abordés, mettant en avant à la fois les atouts du TWIMS mais aussi la nécessité de disposer de composés de référence adaptés. Sur ces bases, je présenterai nos résultats obtenus sur des formes monomériques et oligomériques de la protéine du prion ovin. Ces expériences sont d'intérêt pour les biologistes car la protéine du prion est constituée d'un domaine N-terminal intrinsèquement désordonné (IDP) et d'un domaine C-terminal très structuré. Les propriétés d'agrégation et d'oligomérisation de la protéine ont été montrées comme dépendant principalement de la partie structurée, mais des études sur la protéine entière en solution ont montré que la liaison de ligands sur la partie désordonnée affectait la réactivité de la partie structurée conduisant à l'hypothèse d'un structuration partielle du domaine IDP autour de la partie structurée. Au niveau du monomère, nous avons mis en évidence de plusieurs familles de conformation coexistant simultanément en phase gazeuse. Les sections efficaces mesurées  comparées à des protéines dépliées de la littérature indiquent pour toutes ces familles une forme majoritairement dépliée. Des mutants de la partie structurée ont été examinés et montrent la même diversité conformationnelle, attribuée du coup plutôt à la partie IDP, mais avec une section efficace globale accrue. Nous avons ensuite tenté de réaliser les mêmes mesures sur des oligomères de la PrP: je présenterai le dispositif couplant gel filtration et spectrométrie de masse à mobilité ionique qui permet de former et purifier en ligne les oligomères ainsi que les derniers résultats sur cette expérience. Dans un second temps je présenterai un court projet mettant en évidence les atouts de la séparation par mobilité ionique comme méthode de résolution de mélanges complexes, en particulier appliqué au séquençage top-down de protéines. Je concluerai en rappelant que l'instrumentation est ouverte à divers types de projets et en indiquant les modalités d'accès pour la communauté scientifique.

Contact : Caroline LEBE

 

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